يقوم الباحث العلمي باختيار مشكلة البحث العلمي الخاصة به وذلك عن طريق عدة طرق، إذ يقوم الباحث العلمي بكتابة مشكلة البحث العلمي في الجزء المختص لكتابة المشكلة، ولا شك أن لكل عنصر من عناصر كتابة البحث العلمي الجزء الخاص به في محتوى البحث العلمي، حيث تتمثل طرق اختيار مشكلة البحث العلمي بما يلي:

1. يقوم الباحث العلمي بالتوجه للمشرف العلمي الخاص به ولا سيما المشرف الذي يقوم بالتتبع معه حول كيفية كتابة البحث العلمي، كما ويقوم المشرف باقتراح عدد من المشكلات المعاصرة وهي ذاتها المشكلات التي تحتاج للبحث عنها وعن أسبابها وعوامل حدوثها من أجل الوصول إلى نتائج تتمثل في التقليص من انتشارها والحد من عوائدها السلبية على المجتمع.
2. كما ويقوم الباحث العلمي بقراءة العديد من الكتب والدراسات العلمية التي من شأنها أن تلهم الباحث العلمي حول أهم المشكلات التي يتوجب على الباحث العلمي البحث حولها، حيث تحتوي الكتب العلمية على عدد هائل من المواضيع التي تتعلق بالمجال العلمي الذي يختص به الباحث العلمي.
3. يقوم الباحث العلمي بتتبع الأخبار والعلوم بمختلف أنواعها عبر شبكة الانترنت وكذلك التلفاز، ولا شك أن هذا له دور كبير في جعل الباحث العلمي مدركًا أهم المشكلات التي يتعرض إليها العالم في الآونة الأخيرة ولا سيما المشكلات التي يتعرض إليها مجتمعه على وجع الخصوص، فهذا له دور قوي في حث الباحث العلمي على القيام بالإجراءات حول موضوع ما متعلق بالمشكلات المعاصرة وذلك من أجل إيجاد أو اكتشاف بعض الحلول فيما يتعلق بأحد المشكلات البحثية.

وحيث يجدر الذكر بضرورة الباحث العلمي إدراك أهمية الوحدة الموضوعية في البحث العلمي، أي يجب على الباحث العلمي اختيار مشكلة واحدة كمحور يقوم عليه الباحث العلمي في كتبة البحث العلمي الخاص به.