تمثل مشكلة خطة البحث بالقضية التي يقوم الباحث بدراستها في خطه البحث القائمة. حيث يقصد الباحث العلمي في خطه البحث التي يقوم بكتابتها بمعالجة المشكلة وذلك عن طريق عرضها وتحديد أسباب مشكلة خطه البحث والعوامل المؤدية إلى حدوث المشكلة وانتشارها وعرض النتائج التي يؤول اليها المجتمع في حال بقاء المشكلة وفي حال تم الأخذ بالأسباب التي تعمل على القضاء على مشكلة خطه البحث أو الحد من انتشارها. إذ يقوم الباحث العلمي بصياغة عبارة المشكلة من أجل أن تغطي جميع أسئلة البحث العلمي، حيث يحاول الباحث العلمي في خطه البحث باستقصاء أسئلة البحث المتعلقة بمشكلة البحث التي يجري الباحث عملية البحث والتحري حول أسبابها وعواملها من أجل إيجاد الحلول المناسبة التي بدورها إما تنهي على المشكلة أو تحد من انتشارها. يجدر الإشارة بأن الباحث يقوم بعملية الاستقصاء وذلك باستخدام المصطلحات التي تعبر عن عدد من المتغيرات. هناك العديد من الشروط الذي يجب على الباحث اتخاذها بعين الاعتبار عن كتابة مشكلة خطه البحث.

أولًا: لا بد أن يراعي الباحث العلمي أن النتائج المتعلقة بمشكلة خطة البحث تسد فراغًا مرتبطًا بمجال الباحث العلمي. إذ أن النتائج الذي يخرج بها الباحث العلمي بعد خوض العملية البحثية المتمثلة بجميع الطرق الذي يتخذها الباحث العلمي من أجل الحصول على البيانات والمعلومات التي لها صلة بمشكلة خطه البحث بمعرفة تعمل على توضيح بعض النقاط المتعلقة بمشكلة خطه البحث.

ثانيًا: يجب أن يأخذ الباحث العلمي بعين الاعتبار أن تكون مشكلة خطه البحث قابلة للدراسة حتى وإن تكررت دراسة ذات المشكلة، فيقوم الباحث بإجراء الدراسة عن المشكلة ذاتها ولكن بواسطة استخدام عينات وأفراد مختلفة للدراسة في مواقع وأماكن مختلفة.